Обязанности и достижения:
Цели:
– лучше понять как единственная клетка (оплодотворённое яйцо) развивается в сложный биологический организм
– смоделировать морфологию эмбриона, включая его форму, при использовании информации о предыдущих этапах его развития
Результаты:
– форма клеток эмбриона представлена в качестве параметров сферической взвешенной диаграммы Вороного, разработанной ранее
– перенесён с MATLAB на Python оптимизационный модуль, вычисляющий параметры диаграммы Вороного по изображениям эмбриона и необходимый для свободного выполнения вычислений на суперкомпьютере Jean Zay
– добавлена обработка формы клетки во время митоза, и улучшено определение начальных параметров оптимизации для более точного построения сферической взвешенной диаграммы Вороного
– эволюция параметров диаграмм Вороного, описывающих процесс развития для разных эмбрионов, представлена в виде многомерных траекторий в пространстве, траектории обработаны с помощью техник проектирования многомерных пространств на двухмерные, и произведено сравнение результатов
– при помощи программы Transtab, создана нейронная сеть для предсказания параметров клетки и вероятности её деления на основе предыдущей истории развития клетки и её соседей